کیفیت روغن آفتابگردان تنها به ویژگی‌های رقم و دانه وابسته نیست، بلکه فرآیند استخراج و تصفیه نیز نقش بسیار مهمی در مشخصات محصول نهایی دارد.
استخراج روغن از دانه آفتابگردان می‌تواند با روش‌های مکانیکی، حلالی یا ترکیبی از این دو انجام شود. در مقیاس صنعتی، روش‌های استخراج باید به گونه‌ای طراحی شوند که ضمن افزایش بازیابی روغن، کیفیت ترکیبات استخراج‌شده نیز حفظ شود.
روغن خام حاصل از استخراج، حاوی مجموعه‌ای از ترکیبات همراه و ناخالصی‌هاست. برخی از این ترکیبات در فرآیند تصفیه حذف یا کاهش داده می‌شوند تا روغن به ویژگی‌های مورد نیاز برای مصرف خوراکی برسد.
تصفیه صنعتی روغن معمولاً شامل مراحل مختلفی است که هدف آنها کاهش موادی مانند فسفولیپیدها، اسیدهای چرب آزاد، رنگدانه‌ها، ترکیبات فرار و سایر ناخالصی‌های نامطلوب است.
با این حال، نکته مهم آن است که فرآیند تصفیه می‌تواند علاوه بر حذف ترکیبات نامطلوب، بخشی از ترکیبات ارزشمند موجود در روغن خام را نیز کاهش دهد.
یک مطالعه درباره فرآیند تصفیه صنعتی روغن آفتابگردان نشان داده است که میزان برخی ترکیبات جزئی از جمله کاروتنوئیدها، توکوفرول‌ها، فیتواسترول‌ها و اسکوالن در طول مراحل مختلف تصفیه کاهش پیدا می‌کند. در همان مطالعه، کاهش قابل توجهی در برخی از این ترکیبات در فرآیند تصفیه مشاهده شد.
بنابراین، طراحی بهینه فرآیند تصفیه باید میان دو هدف اصلی تعادل ایجاد کند: حذف ترکیبات نامطلوب و حفظ حداکثری ترکیبات مفید و پایدارکننده روغن.
از دیدگاه کنترل کیفیت نیز روغن خام ورودی باید پیش از فرآوری از نظر شاخص‌هایی مانند اسیدهای چرب آزاد، عدد پراکسید، رطوبت و ناخالصی‌ها، ترکیب اسیدهای چرب و برخی ترکیبات جزئی مورد ارزیابی قرار گیرد.
در زنجیره تأمین روغن خام، این موضوع اهمیت زیادی دارد؛ زیرا کیفیت ماده اولیه می‌تواند بر عملکرد واحد تصفیه و مشخصات محصول نهایی اثرگذار باشد. به همین دلیل، استانداردسازی فرآیند خرید، نمونه‌برداری، آزمایش و ارزیابی روغن خام یکی از الزامات مهم برای فعالان حرفه‌ای این صنعت است.
